直观的软件平台MMI CellTools是所有MMI仪器不可或缺的一部分

MMI CellTools旨在结合显微镜的操作以及所有MMI单细胞分离和操作设备，从而在一个易于使用的平台上提供对整个系统的完全控制。每个工具栏都提供直观的图标，这些图标组织在多个面向工作流程的子菜单中。此外，它提供了一个大型实时视图窗口，使您能够在单细胞分离过程的所有步骤中监控样品。

调整XY载物台，相机，激光和照明条件非常容易。可以自动从软件中快速启动自动显微镜功能，例如物镜或荧光转盘切换。

2018年4月，新型MMI CellScan模块扩展了MMI CellTools软件包。 将MMI CellScan无缝集成到CellTools平台中，以结合激光显微切割和全玻片扫描成像，改善了数字病理学和精密医学的工作流程。此外，可以将MMI CellExplorer（用于自动细胞识别的软件）实施到MMI CellTools程序包中，以方便识别目标细胞，以便随后使用MMI CellCut或MMI CellEctor进行细胞分离。

MMI在2018年7月发布了最新版本的软件包MMI CellTools 5.0。它具有新的界面样式，深色设计非常适合荧光应用。以前，单个处理步骤现在由支持直接和直观处理的软件自动执行。例如，经过改进的全玻片扫描全图有助于在整个阶段轻松导航。若干附加功能可实现更高的图像质量，例如CMOS摄像头支持以及珍贵样品的增强的图像和视频文件选项。此外，针对不平整样本的自动聚焦工具和聚焦图具有无限数量的插值点，现在可提供最高精度的聚焦图像。